家畜胃肠道、呼吸道和生殖道的微生物组通过调节营养代谢、刺激免疫系统和提供对病原体的定植抗性来促进动物的健康和生产性能。 对平衡良好的微生物种群的扰动对宿主生理有长期的不利影响。 在畜牧业生产中对抗菌素使用的审查日益严格、全球人口增长导致对畜产品的需求不断增加以及气候变化对动物健康和生产的不利影响日益加剧的时代，操纵牲畜微生物群以提高牲畜物种的生长性能和疾病抵御能力最近已成为一个活跃的研究领域。